Obec sa nachádza v strednej časti Liptovskej kotliny pod Nízkymi Tatrami v doline Kľačianky.
Od začiatku 14. storočia vlastnil kľačiansky majetok šľachtic Štefan zvaný Kunč, verný spojenec župana Donča. Kľačiansky majetok bol pôvodne súčasťou ľubelského územia. Niekedy pred rokom 1339 dal Štefan postaviť v Kľačanoch kostol zasvätený svätej Alžbete, ktorý sa zakrátko stal farnosťou. Časť územia, ktoré obhospodaroval tunajší farár spolu so svojimi poddanými sa až do 19. storočia volalo Svätá Alžbeta. V roku 1341 časť ľubelského majetku susediacu s majetkom Štefana Kunča okolo Bieleho Potoka získali zemania od kráľa Karola Róberta výmenou za územie dediny Likavy. Šľachtic Štefan Kunč bol vlastníkom časti územia Kľačian asi až do roku 1354, keď kráľ Ľudovít I. prikázal Andrejovi, synovi Ivana, spišského župana, aby obsadil jeho majetky. Skutočnosťou je, že Štefan patril medzi vzpurných magnátov a keďže sa nepodriadil kráľovi po smrti Donča, boli mu majetky zhabané. Kľačany sa vyvinuli na pôvodnom majetku spolu s ostatnými malými usadlosťami Andicami a Bielym Potokom vo vlastníctve zemianskych rodín Andickovcov (Andaházy) a Belopotockovcov (Feherpataky).
Aj keď na pôvod pomenovania obce existujú prinajmenšom dve teórie, pravdepodobnejšia je tá, ktorá tvrdí, že názov obce je odvodením od slova klečen (sokol, vhodný na poľovanie). Túto teóriu podporuje aj neskorší vzhľad obecného pečatidla, v ktorom bol zobrazený sokoliar. Druhá teória tvrdí, že názov je odvodený od slovanského slova kľäča označujúceho kobylu. Prvý krát sa názov obce spomína v roku 1474 v prídomku tunajšieho zemana - “de Kleczen”. V nasledujúcich storočiach boli Kľačany vlastníctvom zemanov Belopotockovcov.
Od stredoveku boli oblasti Kľačian, Dúbravy a Ľubele predmetom záujmu bohatých ťažiarov najmä z okolia Banskej Bystrice a Banskej Štiavnice. V tomto období sa v údolí Kľačianky ťažilo najmä zlato. Podnikali tu aj bohatí zemania Kubíniovci, Meškovci, Detrichovci a Okoličániovci. V 16. a 17. storočí tunajšie bane v ničom nezaostávali za dôležitosťou baní v okolí Ľupče. Svedčí o tom aj fakt, že na území Ľubele si mnohí z nich postavili v tomto období aj svoje kúrie. Boli medzi nimi najmä Kubíniovci, Revickovci a Detrichovci. V druhej polovici 18. storočia sa v okolí obce ťažila železná ruda. Tunajšie obyvateľstvo sa živilo najmä prácou v baniach, ale aj poľnohospodárstvom. Neskôr tunajší obyvatelia pracovali v baniach v Ľubeli a po roku 1905 odchádzali za prácou do maďarských baní. Po roku 1918 pracovali najmä v lesoch a poľnohospodárstve.
Počas druhej svetovej vojny pôsobilo v Kľačianskej doline viacero partizánskych jednotiek. Po potlačení povstania sa tu odohrali boje medzi partizánmi a nemeckými jednotkami.
Jednotné roľnícke družstvo bolo v Kľačanoch založené v roku 1959 a v roku 1961 sa stalo súčasťou Štátnych majetkov v Liptovskom Mikuláši.
Pôvodný kostol bol postavený bez veže, rovnako ako všetky stredoveké kostoly. V jeho blízkosti však stála neskôr drevená zvonica so zvonom z roku 1612, preliatym v roku 1827. Na mieste pôvodného stredovekého kostola postavený nový kostol v modernom poňatí. Takéto riešenie si vynútila zlá statika pôvodného objektu. Po skončení týchto prác bola v roku 1880 pri novej budove kostola postavená aj nová drevená zvonica. Pri obnove kostola v rokoch 1951-1952 bol historizujúca romantická stavba pozmenená modernizačnými zásahmi hlavne v interiéri a vo farebnej úprave fasád.
